In 1862 emigreerde een aantal bewoners van het Indonesische eilandje Savoe (of: Savu) naar het nabijgelegen eveneens Indonesische eiland Soemba. Toen enkele jaren later het christendom vaste voet kreeg op Savoe, ontstonden ook onder de Savoenezen op Soemba christelijke gemeenten, die vanaf 1877 werden verzorgd door de zendeling van Savoe, waar van 1871-1901 vanuit het Nederlands Zendingsgenootschap (NZG) werd gearbeid, van 1872-1893 door M. Teffer.
Van 1881-1884 was Soemba zendingsterrein van de Nederlands Gereformeerde Zendingsvereniging (NGZV), die was opgericht uit onvrede over de invloed van niet-orthodoxe leringen binnen het NZG.
Gedurende de periode 1881-1892 lukte het de zendingsarbeiders niet zich te vestigen onder de Soembanezen, maar woonden ze onder Savoenezen. De aanraking met de Soembanezen beperkte zich tot bezoeken aan de vorsten van Oost- en Midden-Soemba en de verlening van medische hulp in de naaste omgeving.
Toen in 1892 in Nederland ‘de vereniging’ werd voltrokken, werden de taken binnen de Nederlandse kerken verdeeld en kregen de classes in de provincies Groningen, Drenthe en Overijssel de arbeid op Soemba toebedeeld, die van 1902-1972 zou voortduren. Hieruit is de Gereja Kristen Sumba (GKS) ontstaan.
Het begin van de eigen geschiedenis van de Gereja-Gereja Bebas Sumba Timur (GGBST) en de Gereja-Gereja Reformasi di Indonesia (GGRI, waarmee de Gereformeerde Kerken vrijgemaakt (GKv) al tientallen jaren een band hebben) ligt in het conflict tussen ds. S.J.P. Goossens als missionair predikant van Appingedam, gevolgd door zijn afzetting in 1939. De kerkenraden van Melolo, Petawang en Kananggar bleven de leiding van ds. S.J.P. Goossens volgen. Gedurende de Japanse bezetting werden alle protestantse christenen op Soemba in één kerkgenootschap samengebracht. Na de aftocht van de Japanners maakte het deel van hen dat ds. S.J.P. Goossens was gevolgd, zich opnieuw zelfstandig. Nadat zij hadden vernomen van de Vrijmaking die zich binnen de Gereformeerde Kerken in Nederland had voltrokken, verzonden zij een machtiging voor ds. S.J.P. Goossens en de hem vergezellende evangelist K. Tanahomba om hen te vertegenwoordigen op de Generale Synode van de GKv die in 1946 in Groningen werd gehouden. In 1949 kon ds. S.J.P. Goossens naar Soemba terugkeren.
In 1952 ontstond een conflict in de GGBST inzake de verhouding tussen kerk en school. Dit leidde tot de schorsing van evangelist L. Kondamara door de kerkenraad van Kananggar. De kerk van Zwolle die in verband met deze kwestie ds. S.J.P. Goossens naar Nederland had teruggeroepen, zette hem af toen deze zich niet stoorde aan het verbod terug te keren naar Soemba en verbrak de band met de Soembanese kerken die ds. S.J.P. Goossens bleven ontvangen. Tevens vestigde Zwolle contact met de groepen christenen die L. Kondamara volgden en als predikant van Mau Maru bevestigden. Enkele synoden van de GKv distantieerden zich van de besluiten van Zwolle. Zwolle nam ze zelf in 1959 terug.
Sinds 1953 werden de GGBST gesteund door een Comité, in 1967 omgezet in de vereniging Steun Oost-Soemba (SOS).
In 1965 beriepen de GGBST ds. P.P. Goossens (een zoon van ds. S.J.P. Goossens) om als docent van de Opleiding tot evangelist (Sekolah Guru-Injil – SGI) in haar midden te komen werken. In 1968 vertrok ds. P.P. Goossens naar Soemba, gesteund door vier samenwerkende kerken en SOS.
Bij het conflict in de GKv in Nederland trokken de samenwerkende kerken die de arbeid van ds. P.P. Goossens steunden, zich terug.
In 1971 trad de kerk van Den Haag-Zuid-West op als contactkerk. Deze functie werd in 1981 overgenomen door een Convent van samenwerkende Kerken die in dezen nauw samenwerkten met SOS, waarin ‘binnenverbanders’ en ‘buitenverbanders’ bleven samenwerken.
Op 22 februari 1986 heeft de Landelijke Vergadering van de Nederlands Gereformeerde Kerken uitgesproken dat:
a. niet meer gesproken moet worden van "onze" zending op Oost-Soemba, maar van een zusterkerkrelatie tussen de NGK en de zelfstandige GGBST (die zelf zendingswerk verrichten op Oost-Soemba).
b. de NGK een bijzondere verantwoordelijkheid hebben om zoveel als mogelijk de materiële nood van de kerken op Oost-Soemba te lenigen.
c. bekend is dat SOS bereid is om haar diensten te verlenen in deze zusterkerkrelatie.
Per 1 januari 1987 heeft het Convent van de samenwerkende Kerken haar taak overgedragen aan SOS.
In mei 2014 is op voorstel van de ‘Commissie Contact en Samenspreking buitenland’ door de Landelijke Vergadering besloten tot:
- voortzetting van de contacten die er zijn met GGBST en met SOS die deze contacten behartigt,
- het oproepen van de NGKgemeenten om GGBST te blijven gedenken in de gebeden en in de ondersteuning door zendingscommissies of diaconieën en
- de raadgeving om inzake de omgang met de lokale cultuur en de contacten met de GGRI (die verbonden zijn met de GKv), bredere samenwerking te zoeken om zo te komen tot een bundeling van krachten.
Op 8 april 2017 was er een bijeenkomst van de Landelijke Vergadering, waar onder meer het rapport van de Commissie Contact en Samenspreking Buitenland aan de orde is gekomen. In dat rapport stond hetzelfde voorstel als in 2014. Hierop is positief besloten in de bijeenkomst.
Op zaterdag 11 januari 2020 is besloten tot voortzetting van de contacten die er zijn met de Vrije Kerken van Oost-Soemba en met de vereniging Steun Oost-Soemba die deze contacten behartigt. De grond hiervoor luidt: "Wij weten ons blijvend verbonden met deze kerken die vanuit het eigen zendingswerk zijn ontstaan".
Het kerkelijk centrum, met daarin de SGI (de Opleiding), bevond zich aanvankelijk te Mau Maru (tussen Kananggar en Melolo) en dus tamelijk ver het gebergte in. Met name door de inzet van ds. P.P. Goossens is het kerkelijk centrum tussen 1968 en 1973 overgebracht naar Parai Puluhamu, dat meer richting de kust ligt. Ds. P.P. Goossens, geboren op 21 december 1934 te Melolo op Soemba, overleed op 9 maart 2002 te Parai Puluhamu, alwaar hij op 13 maart 2002 is begraven. Tot aan zijn overlijden heeft deze zendeling zich buitengewoon ingezet voor deze plaats en het kerkgenootschap GGBST. Hij was de adviseur voor de GGBST en de docent aan de SGI. Deze Opleiding heeft inmiddels een handvol dominees afgeleverd en vele guru’s-Injil die de GGBST dienen. Na maart 2002 hebben de GGBST zeer uitgezien naar een Nederlandse opvolger voor ds. P.P. Goossens. Dat is er niet van gekomen. Een algeheel adviseur is er sowieso niet gekomen, maar het docentschap aan de SGI is wel ingevuld (door leraren uit eigen kring). Ook overigens is het leven in de GGBST en het kerkelijk centrum doorgegaan. Dat leven speelt zich af te midden van de andere Soembanezen, die nog heiden zijn, islamiet of behorend tot een andere christelijke groepering, zoals de Gereja Bethel Indonesia (een soort Pinkstergroepering, welke groeperingen ook op Soemba duidelijk in opkomst zijn). Op persoonlijk vlak hebben leden van de GGBST wel contact met leden van andere christelijke groeperingen, met name met leden van de GGRI; officiële samensprekingen zijn er nog niet. Een belangrijk thema in eventuele officiële samensprekingen zal voor de GGBST zijn de omgang met de adat, met name de belis (bruidschat). De GGBST maken zich sterk voor het breken met de heidense traditie, indachtig de oproep van Paulus: “uw vroegere levenswandel opgeven” (Efeziërs 4 vers 22). Al langere tijd worden de synodes van (een deel van) de GGRI bezocht door een afgevaardigde van de GGBST; in juli 2020 was het zover dat de synode van de GGBST werd bezocht door een afvaardiging van de GGRI.